VVV Venlo 16 stycznia 2008 roku podpisał 2,5-letni kontrakt z holenderskim VVV Venlo. Jego debiut w tym klubie miał miejsce 20 stycznia 2008 roku w meczu ligowym z PSV Eindhoven. Gra Hondy nie pomogła utrzymać się klubowi w Eredivisie na następny sezon. W sezonie 2008/09 w rozgrywkach Eerste divisie Honda w 36 meczach strzelił 16 bramek, walnie przyczyniając się do powrotu Venlo do najwyższej klasy rozgrywkowej w Holandii. W sezonie 2009/10 w ciągu rundy jesiennej w Venlo rozegrał 18 spotkań, w których strzelił 6 bramek. Były to jego ostatnie mecze w barwach klubu z Holandii, ponieważ na wiosnę grał już w rosyjskim CSKA Moskwa.
CSKA Moskwa 1 stycznia 2010 roku CSKA Moskwa poinformowała o pozyskaniu zawodnika za około 9 mln euro, gdzie podpisał czteroletnią umowę. Rosyjski klub wygrał rywalizację o pomocnika m.in z Ajaxem czy PSV. W CSKA Honda zadebiutował 12 marca 2010 roku w meczu z Amkarem Perm, w którym strzelił zwycięską bramkę. Razem z moskiewskim klubem zdobył jedno mistrzostwo i dwa puchary kraju.
AC Milan W styczniu 2014 został nowym piłkarzem A.C. Milanu. W czerwcu 2017 roku Milan nie przedłużył wygasającego kontraktu z zawodnikiem.