Jednak gdy znalazły się w posiadaniu Miyuna i Feiyina, miejscowi patroni (dla których lokalne klasztory były terenem ich wpływów) poczuli się zagrożeni, gdyż przypuszczali, iż klasztor Jinsu stanie się filią klasztoru Tiantong. W wyniku tej kontrowersji Miyun musiał udać się do Jinsu si i wyjaśnić sprawę tak, aby uspokoić miejscowych notabliJiang Wu. Enlightenment in Dispute. s. 262..
W 1641 r. otrzymał honorową purpurową szatę od cesarza i został opatem słynnego klasztoru Bao’en w Nankinie. Jednak później zrezygnował z tego stanowiska.
Zmarł w 1642 r. w klasztorze Tongxuan. Miał 12 spadkobierców Dharmy i 300 osobiście przez niego wyświęconych mnichów.
Nauki i działalność Miyun uważał się za bezpośredniego spadkobiercę linii przekazu szkoły linji, jak najbardziej ortodoksyjnej. Odnowił styl tej szkoły, chociaż jego intensywne używanie okrzyków i uderzeń nie było zbyt autentyczne, gdyż nie traktował ich symbolicznie, jak często robili to dawni mistrzowie, tylko jako obowiązkowy styl. W 1608 r. wysoko postawiony patron odwiedził go i zastał mistrza czytającego klasykę konfucjańską i powiedział „To nie jest twój interes”. Mistrz natychmiast uderzył go w twarzJiang Wu. Enlightenment in Dispute. s. 87.. Wangling musiał tłumaczyć oburzonemu notablowi, że to jest styl mistrza i nie ma w tym niczego personalnego.