Po zakończeniu II wojny światowej Kokalari otworzyła w Tiranie księgarnię, w której pracowała. W październiku 1945 powstał Związek Pisarzy Albańskich, do którego zaproszono Musine Kokalari. Musine w tym czasie poświęciła się walce o ukaranie winnych śmierci jej braci. W marcu 1945 rozpoczęła wspólnie z Gjergjim Kokoshim i Fuadem Asllanim tworzenie ugrupowania politycznego. 6 listopada 1945 należała do grona współtwórców antykomunistycznego Związku Demokratycznego (alb. Bashkimi Demokratik), który miał koordynować działalność różnych grup prowadzących działalność antykomunistyczną. Za swoją działalność została aresztowana 17 stycznia 1946 i postawiona przed sądem wojskowym w Tiranie. thumb|240px|Musine Kokalari w czasie procesu przed sądem wojskowym (1946) 2 lipca 1946 sąd wojskowy w Tiranie skazał ją na 20 lat więzienia za sabotaż i działania wrogie wobec ludu albańskiego. Kolejne 18 lat swojego życia spędziła w więzieniu w Burrel, pod ścisłym nadzorem Sigurimi. Z więzienia została zwolniona w 1964 i internowana w Rrëshenie, gdzie pracowała przy sprzątaniu ulic. Pod koniec swojego życia cierpiała na chorobę nowotworową, która także była przyczyną jej śmierci.