Jana, który uważali za swoją własność. W poł. XV w. prebenda świętojańska została połączona z prałaturą dziekana lwowskiego, którą w 1517 również włączono do kapituły metropolitalnej.
XVII wiek zapisał się w historii kościoła jako czas sporu gminy lwowskiej z kapitułą o patronat. Budynek kościelny stawał się coraz bardziej zaniedbany. Wokół niego, w miejsce ormiańskiej, zaczęła osiedlać się ludność żydowska.
W 1799 kościół został zniszczony przez pożar i do 1836 pozostawał w ruinie. W roku następnym podjęto jego odbudowę, ale była ona przeprowadzona w sposób niefachowy. Wtedy właśnie wzniesiono nową wieżyczkę z sygnaturką. Również w 1855 r. kościół był remontowany, ale i to niewiele mu pomogło. W 1861 koło kościoła wzniesiono dzwonnicę. W 1869 roku wzmocniono sklepienia.
Do poprawy sytuacji przyczynił się zainicjowany przez ks. Stanisława Korzeniowskiego remont i zakrojona na szeroką skalę rekonstrukcja przeprowadzona w latach 1886-1887 pod kierunkiem Juliana Zachariewicza. Usunięto dawną kruchtę, a na jej miejscu wzniesiono nową obszerniejszą z aneksami bocznymi, rozebrano szczyt elewacji i wykonano nowy z trzymetrowej średnicy rozetą. Pogrubiono mury absydy oraz przemurowano szczyt wschodni nawy. Wszystkie elewacje otrzymały artykulację w cegle w postaci lizen i fryzów arkadkowych.