Z powodu zgłoszonych skarg wyborczych, Sąd Konstytucyjny nakazał przeprowadzenie powtórnego liczenia głosów. 12 października 2009 ogłosił ostateczne wyniki wyborów, które potwierdzały zwycięstwo Alego Bongo większością 41,79% głosów. Na pozostałych miejscach znaleźli się Mamboundou (25,64%) oraz Mba Obame (25,33%).
Data wyborów 8 czerwca 2009 w barcelońskiej klinice zmarł prezydent Gabonu Omar Bongo. Funkcję p.o. prezydenta przejęła w kraju przewodnicząca parlamentu Rose Francine Rogombé. Zgodnie z prawem nowe wybory prezydenckie musiały być przeprowadzone w czasie od 30 do 45 dni od opróżnienia urzędu szefa państwa. Wiele ekspertyz wskazywało jednak na to, że ze względu na konieczność aktualizacji spisu wyborców, wybory mogą nie odbyć w wymaganym terminie. P.o. prezydenta Rose Francine Rogombé 20 czerwca 2009 stwierdziła, że przygotowania do wyborów wymagają „szerokich konsultacji z aktywnymi siłami narodu”. 22 czerwca premier Jean-Eyeghe Ndong powiedział, że „wydaje się pewnym, że organizacja wyborów zajmie więcej niż 45 dni”. Wedle konstytucji przesunięcie terminu wyborów poza okres 45 dni, było prawnie dopuszczalne w przypadku tzw. „siły wyższej” (force majeure).