Zmieniono również oznaczenie samolotu aby podkreślić równorzędność funkcji transportowych i latającej cysterny na KC-390. Formalny start projektu odbył się 14 kwietnia 2009 roku. Wówczas to, w trakcie kolejnych targów Defesa e Segurança da América Latina, Embraer podpisał umowę z FAB o współpracy w zakresie zaprojektowania, budowy i rozwoju samolotu KC-390. Umowa przewidywała budowę dwóch lotnych prototypów oraz dwóch płatowców przeznaczonych do prób naziemnych. Nadzór nad projektem powierzony został Komitetowi Koordynacyjnemu Programów Samolotów Bojowych (port. Comissão Coordenadora do Programa Aeronave de Combate – COPAC). Szefem organizacji został generał José Augusto Crepaldi Affonso. COPAC formalnie podlegał Departamentowi Nauki i Techniki Lotniczo-Kosmicznej (Departamento de Ciência e Tecnologia Aeroespacial – DCTA) Dowództwa Lotnictwa brazylijskiego. Wstępne plany zakładały oblot prototypu w 2012 roku i wejście maszyny do służby w 2015 roku.