16 września Niemcom udało się wtargnąć do szpitala powstańczego ulokowanego w budynku szkoły powszechnej nr 29 przy ulicy Zagórnej 9. W szpitalu znajdowało się wówczas ponad 200 rannych. Wieczorem Niemcy zabrali do siedziby Sicherheitspolizei w alei Szucha wszystkich rannych, którzy byli w stanie się poruszać, a także pewną liczbę ciężko rannych (kobiety) wraz z personelem medycznym. Część rannych (młodych mężczyzn podejrzewanych o udział w powstaniu) rozstrzelano na Szucha. Około 80 ciężko rannych pozostało w piwnicach szpitala. Większość z nich została zamordowana przez Niemców. Następnego dnia żołnierze przybyłego zza Wisły III batalionu 9. pułku piechoty przeprowadzili kontratak, który wyparł Niemców ze szpitala i umożliwił ewakuację tych rannych, którzy przeżyli masakrę.
18 września Niemcy opanowali szpital powstańczy znajdujący się na terenie posesji przy ulicy Solec 41, skąd jednak zostali szybko wyparci w wyniku polskiego kontrataku. Wycofując się Niemcy podłożyli jednak ogień w budynku, po czym nie pozwolili ewakuować rannych – otwierając ogień do idących im z pomocą powstańczych sanitariuszek, jak również do każdego, kto próbował opuścić płonący szpital. W płomieniach lub od niemieckich kul zginęło około 60 rannych oraz kilka sanitariuszek.