Historia Parafia w Pilźnie powstała w 1256 r., a jej najstarszą świątynią był drewniany kościół, który nie przetrwał do czasów współczesnych i którego lokalizacji nie udało się ustalić. Po lokacji miasta Pilzna, w II połowie XIV w., wytyczono miejsce dla murowanego kościoła, który stanął przy rynku. Świątynia istniała już w czasach panowania Kazimierza Wielkiego (o czym świadczą kamienne elementy zachowane w murach), a pierwsza pisemna wzmianka o niej pochodzi z ok. 1400 r. Prawdopodobnie początkowo składała się tylko z oszkarpowanego, zamkniętego trójbocznie prezbiterium oraz szerszej i wyższej od niego nawy, skonstruowanej na planie prostokąta. Były one przykryte oddzielnymi dachami dwuspadowymi, nad nawą znajdował się drewniany strop, a nad prezbiterium – sklepienie żebrowe. Skarpy, późniejsze, lecz pochodzące sprzed pierwszej większej rozbudowy, opinają również nawę, co może świadczyć o planach wykonania nad nią podobnego sklepienia żebrowego. Główne wejście znajdowało się w ostrołukowym portalu od strony zachodniej.
Dekanat Pilzno obejmował tereny od Dębicy, przez Frysztak, do Kołaczyc i należał do archidiakonatu nowosądeckiego diecezji krakowskiej.