Eugene Kennedy edukację rozpoczął w katolickiej szkole parafialnej. Z inicjatywy starszego o sześć lat brata Josepha został czytelnikiem w lokalnej filii biblioteki publicznej, choć w szkole początkowo czytanie nie szło mu najlepiej. W 1933 roku Kennedy skończył naukę w szkole podstawowej i rozpoczął następny jej etap w St. Philip High School, gdzie nauczycielami byli księża serwici. W szkole średniej był redaktorem gazetki szkolnej.
27 października 1947 ożenił się z Adelaide Mjewski, koleżanką i współredaktorem gazetki studenckiej z college'u. Małżeństwo Kennedych miało trzy córki: Lisa (ur. 1950), Sheila (ur. 1957) oraz Katherine (ur. 1960).
Nauka i praca Studia i praca podczas wojny W 1937 roku Eugene Kennedy rozpoczął studia chemiczne na Uniwersytecie DePaula, na które przyznano mu stypendium. W czerwcu 1941 roku otrzymał dyplom ukończenia studiów i złożył aplikację na University of Chicago w celu odbycia studiów doktoranckich z chemii organicznej. Jednocześnie podjął pracę w chemicznym dziale naukowym firmy „Armour and Company” (jednej z największych przetwórni mięsa w Chicago), by móc opłacić czesne. W ramach swoich obowiązków uczestniczył w związanym z działaniami wojennymi projekcie frakcjonowania krwi wołowej w celu pozyskania przemysłowych ilości surowiczej albuminy wołowej (BSA).