W 1952 roku Kennedy skupił się wyłącznie na wiązaniach w fosfolipidach i odkrył, że w mitochondriach dochodzi do ATP-zależnego włączenia choliny (a nie fosfocholiny) do cząsteczki lipidu (Kennedy początkowo sądził, że tym lipidem jest PC; dopiero w następnej publikacji poprawił swój błąd, wskazując że chodziło o ester choliny i długołańcuchowego kwasu tłuszczowego). Jednocześnie Kornberg i Pricer opublikowali prace o ATP-zależnym włączaniu fosfocholiny (a nie choliny) do cząsteczki lipidu (PC). Szukając powodów tej sprzeczności Kennedy, wraz ze swoim pierwszym stażystą postdoktoranckim Samuelem Weissem, powtórzyli doświadczenia Kornberga używając czystego, krystalicznego ATP, dochodząc do wniosku, że to nie ATP, a inny nukleotyd – cytydynotrifosforan, który w preparatach ATP używanych przez Kornberga był tylko zanieczyszczeniem, jest niezbędnym kofaktorem w syntezie PC de novo.