Wątrobowa kinaza pirogronianowa jest także regulowana pośrednio poprzez adrenalinę oraz glukagon, które wywierają swoje działanie na kinazie białkowej A. Kinaza białkowa fosforyluje wątrobową kinazę pirogronianową, dezaktywując ją. Mięśniowa kinaza pirogronianowa nie jest wrażliwa na kinazę białkową A, aktywowaną adrenaliną. Obecność glukagonu sygnalizuje głód, tzn. niski poziom glukozy. Wzrost stężenia cukru we krwi prowadzi do wydzielenia insuliny, która aktywuje fosfatazę fosfoprotein typu I, co w konsekwencji prowadzi do defosforylacji kinazy pirogronianowej, dzięki czemu jest znowu aktywna. Taka kontrola zapobiega jednoczesnej aktywności kinazy pirogronianowej oraz enzymów katalizujących odwrotną reakcję (karboksylaza pirogronianowa oraz karboksykinaza fosfoenolopirogronianowa).
Niedobór Mutacje w planie budowy tego enzymu powodują schorzenie pod postacią deficytu kinazy pirogronianowej. Skutkuje to bardzo spowolnionym tempem przebiegu glikolizy.