Mikalojus rozpoczął naukę języka litewskiego dopiero pod wpływem spotkania z narzeczoną w 1907.
Już we wczesnym dzieciństwie Čiurlionis ujawnił swoje muzyczne uzdolnienia. Podobno w wieku lat trzech potrafił imitować na klawiaturze zasłyszane melodie, a jako pięcio-sześciolatek sprawnie grał już na fortepianie i organach. Jego muzyczny talent odkrył książę Michał Mikołaj Ogiński, który ściągnął młodzieńca na swój dwór w Płungianach i dał zatrudnienie w książęcej orkiestrze. W latach 1889–1893 Mikalojus uczył się w szkole orkiestrowej gry na różnych instrumentach, m.in. na flecie„Pejzaż jak muzyka” Monika Małkowska, artykuł w cyklu „Księga Kresów Wschodnich”, nr 33, s. 15, wydawanym przez „Rzeczpospolitą”..
Studia thumb|left|180px|Z żoną Sofiją Kymantaitė (1908). Dzięki pomocy finansowej Ogińskiego młody Čiurlionis mógł wyjechać do Warszawy, gdzie kształcił się w klasie fortepianu i kompozycji w tamtejszym Instytucie Muzycznym (1894–1899) pod kierunkiem m.in. Antoniego Sygietyńskiego i Zygmunta Noskowskiego, ucznia Moniuszki. W latach 1901–1902 kontynuował studia muzyczne w konserwatorium w Lipsku w klasie Carla Reinecke.