Mumię Pinodżema II odnaleziono w skrytce DB-320 w Deir el-Bahari wraz z mumią jego drugiej małżonki Nesichonsu. Pinodżem był ostatnim władcą pochowanym w tym grobowcu - skrytce. Została odwinięta z bandaży 28 czerwca 1886 roku przez Gastona Maspero. Według jego opisu, zamieszczonego w "Les Momies royales", mumię pokrywało wiele warstw niezwykle delikatnego muślinu, pomiędzy którymi znajdowały się warstwy żywicznych substancji. Brzegi muślinu obrębiono oraz obszyto kolorowymi nićmi. W pozostałościach żywicznej skorupy, pokrywającej klatkę piersiową znajdowały się dwa pasma czerwono barwionej skóry, mające wygląd skrzyżowanych szelek o szerokości 2 centymetrów każda oraz odcisk pektorału. Nacięcie powierzchni brzucha, mające około 15 centymetrów długości balsamiści wykonali wzdłuż tułowia, po lewej stronie, od żeber do dolnej części brzucha. Twarz arcykapłana został posypana sproszkowaną żywicą, której część zestaliła się, tworząc cienką skorupę. Powieki i policzki nie zostały zbytnio wypchane, (patrz: mumia Masaharty) przez co zachowały naturalny kształt i wygląd. Na brodzie i poniżej znajdowały się cienkie i niedługie siwe włosy, natomiast owłosienie nad górną wargą zostało starannie zgolone. Ręce arcykapłana umieszczono ściśle wzdłuż tułowia przy biodrach.