Od 1942 produkowano już tylko pojazdy wojskowe, zatrudniając wielu robotników przymusowych i jeńców wojennych. W 1944 zakłady zostały zbombardowane przez alianckie lotnictwo, co spowodowało zawieszenie produkcji. Ogółem, w latach 1897–1945, w zakładach zbudowano 39,6 tys. różnych pojazdów.
Po II wojnie światowej na terenie dawnych zakładów Stoewera przy al. Wojska Polskiego uruchomiono Szczecińską Fabrykę Motocykli słynącą z produkcji Junaków (w późniejszym okresie nazwę przedsiębiorstwa zmieniono na: Fabryka Mechanizmów Samochodowych „Polmo”).
Po wojnie prywatne muzeum Stoewera, liczące 1022 eksponatów, znajdowało się w Niemczech w Wald-Michelbach. Jego kolekcja została sprzedana w 2019 roku i trafiła do Muzeum Techniki i Komunikacji w Szczecinie.
W czasie swego istnienia firma Stoewer kilkakrotnie zmieniała nazwę: +OdNazwa oryginalnaNazwa przetłumaczona1872 r.Nähmaschinen-Fabrik und Eisengießerei von Bernhard Stoewer, Stettin GrünhofMaszyny do szycia – fabryka i odlewnia żelaza Bernharda Stoewera, Szczecin Grünhof1896 r.Nähmaschinen und Fahrräder – Fabrik Bernhard Stoewer ActiengessellschaftFabryka maszyn do szycia i rowerów Bernharda Stoewera. Spółka akcyjna1899 r.Gebrüder Stoewer. Fabrik für Motorfahrzeuge und Fahrradbstandendteile StettinBracia Stoewer.