Z czasem działalność Gwardii obróciła się przeciwko dotychczasowym sprzymierzeńcom – ks. Adamowi Czartoryskiemu i gen. Chłopickiemu, którym w wydawanych przez Formację pismach – zarzucano opieszałość wobec nieprzyjaciela. W wyniku konfliktu z dyktatorem 2 stycznia 1831 roku został odwołany dotychczasowy naczelnik i założyciel Gwardii – prof. płk Krystyn Lach Szyrma, na którego następcę wyznaczono ppłk. Piotra Łagowskiego. Polityczne uwikłania Gwardii doprowadziły z czasem do jej marginalizacji i zastąpienia jej przez inne jednostki, pełniące zadania ochronne – Gwardii Narodowej Warszawskiej i Krakusów. Pozostała kompania przyboczna złożona z gwardzistów wzięła udział w bitwie pod Olszynką Grochowską. Po jej rozwiązaniu weterani Gwardii znaleźli się w innych jednostkach wojskowych.
Gwardia Akademicka jako współorganizator obchodów ku czci dekabrystów 25 stycznia 1831 roku przyczyniła się walnie do rozpętania radykalnych nastrojów antycarskich i detronizacji Mikołaja I przez Sejm Królestwa Polskiego.
Naczelnicy i dowódcy Gwardii Akademickiej płk Krystyn Krystyn Lach Szyrma (1 grudnia 1830 – 2 stycznia 1831) ppłk/płk Piotr Ludomir Łagowski (9 stycznia 1831 – 2 lutego 1831) mjr Gabriel Siemoński (Kompania Przyboczna Naczelnego Wodza gen. dywizji ks. M. Radziwiłła) – do 26 lutego 1831 roku.