Będąc świadomym szkodliwych skutków ubocznych niektórych lekarstw oraz ryzyka uzależnienia, rozpowszechniał ideę udostępniania takich środków wyłącznie pacjentom, którzy wcześniej skonsultowali się z lekarzem.
Wśród pomysłów wcielonych przez niego w życie można wymienić zastosowanie aromatów owocowych i powlekanie cukrem niektórych specyfików, aby były łatwiejsze do spożyciaPrice, p. 59.. Rozwój przedsiębiorstwa wymuszał zakup nowych obiektów na potrzeby badań i produkcji; poczynione przez niego inwestycje były bodźcem do rozwoju biznesu w całym mieście. W 1890 r. Lilly przekazał prowadzenie interesu synowi Josiahowi, który kierował spółką przez następnych kilkadziesiąt lat. Sam oddał się działalności filantropijnej oraz przewodzeniu różnym inicjatywom społecznym. Mimo kłopotów ekonomicznych ostatniej dekady XIX wieku, firma przetrwała bez większych problemów i ostatecznie bardzo umocniła swoją pozycję na rynkuPrice, p. 60., wciąż wprowadzając kolejne usprawnienia technologiczne, głównie w dziedzinie automatyzacji produkcji.