Mimo bardzo dobrych opinii przełożonych o pracy polskich żołnierzy, ujawniły się problemy wynikające z pośpiesznego przygotowania kontyngentu i braku rozpoznania rejonu działania. Najsłabiej opłacani z całej UNTAC, Polacy musieli mieszkać w ciasnych bazach, bez odpowiedniego zaplecza higienicznego a czasami nawet żywieniowego. Trudne warunki powodowały częste choroby, które wraz z brakiem jakiejkolwiek komunikacji z rodzinami w kraju znacznie obniżały morale. Zdesperowani żołnierze napisali nawet list do Prezydenta RP (na oficjalnym blankiecie UNTAC, gdyż korespondencja PKW nie docierała w całości do Polski), który spowodował interwencję Rzecznika Praw Obywatelskich. Innymi skutkami nieodpowiedniego przygotowania PKW były spory kompetencyjne pomiędzy szefem logistyki UNTAC – formalnie starszym oficerem narodowym – i dowódcą POLLOG-u, gdyż nie wyznaczono konkretnego podziału zadań między nimi, czy też brak odpowiedniej komunikacji na linii UNTAC-MON: sformowanie dowództwa polskiego batalionu w sytuacji, gdy w strukturach UNTAC istniał już odpowiedni batalion logistyczny lub kuriozalna konieczność wydzielenia z dwóch kompanii wydzielonych grup wsparcia logistycznego: w PKW wystawiono tylko 4 zamiast przewidzianych etatem misji 6 kompanii logistycznych.