Do Prostyni pielgrzymowali wierni z diecezji łuckiej, płockiej, poznańskiej i wileńskiej. W starej „Księdze Łask” zachowały się wpisy pielgrzymów z Białegostoku, Lublina, Poznania i innych miejsc. W 1547 roku przybyła w pielgrzymce królowa Bona, żona Zygmunta Starego. Modliła się długo w świątyniach i złożyła w ofierze bogate dary. W 1552 roku napadli na Prostyń Tatarzy. Złupili świątynie i zabrali do niewoli kilkunastu mieszkańców wioski. W marcu 1657 roku Szwedzi obrabowali oba kościoły.
W latach 1802–1812 po rozebraniu starego zbudowano nowy kościół Trójcy Przenajświętszej. Niestety spłonął on w 1812 od uderzenia pioruna. Odbudowano go w latach 1858–1860, a w 1877 roku dobudowano dwie wieże. 26 lipca 1860 roku konsekrował go biskup podlaski Beniamin Szymański. Kościół ten został wysadzony w 1944 roku przez Niemców. Przed zniszczeniem kościoła Niemcy pozwolili wikariuszowi parafii ks. Ludwikowi Warpechowskiemu, wynieść ze świątyni cenniejsze zabytki. W pierwszym rzędzie wyniesiono cudowną figurę Trójcy Przenajświętszej. 19 stycznia 1945 roku proboszczem został mianowany ks. Józef Ruciński, który przystąpił do odbudowy świątyni. 26 lipca 1946 roku rozpoczęto naprawę i oczyszczanie fundamentów na których zaczęto wznosić nowe mury. Projektantem świątyni był prof.