W 1775 roku parafię przejęli oo. Bernardyni. Podczas powstania kościuszkowskiego została zniszczona wieża wschodnia. W latach 1811–1812 kościół został zdewastowany przez stacjonujące wojska napoleońskie. W 1822 roku przystąpiono do remontu kościoła. W 1873 roku parafia została przejęta przez duchowieństwo diecezjalne. W latach 1888–1908 kościół został gruntownie odremontowanyHistoria parafii Kobyłka.
W 1944 roku wojska niemieckie zburzyły wieżę zachodnią, która podczas upadku zniszczyła nawy kościoła. W 1945 roku rozpoczęto odbudowę kościoła, a w latach 1957–1963 nadal ją kontynuowano i odrestaurowano freski. W 1971 spłonął ołtarz główny, podpalony przez włamywacza. W latach 1971–1977 odbudowano ołtarz, dokonano renowacji malowideł i odbudowano dawną wieżę wschodniąRys historyczny.
W 2006 roku został utworzony dekanat kobyłkowski. 18 czerwca 2011 roku kościół otrzymał tytuł bazyliki mniejszej.
Na terenie parafii znajduje się 14 100 wiernych.
Proboszczowie parafiiProboszczowie