Od 1387 toczyła się wojna miast w Niemczech. Powodem wybuchu konfliktu było porozumienie pomiędzy Związkiem Miast Szwabskich a arcybiskupstwem salzburskim w 1387 skierowane przeciwko książętom bawarskim. Książę Fryderyk Bawarski w odpowiedzi na to uwięził arcybiskupa Salzburga, żądając w zamian za jego uwolnienie zerwania podpisanej umowy ze Związkiem Szwabskim. 8 stycznia 1388 król Wacław IV Luksemburski wypowiedział Bawarii wojnę, co było konsekwencją działań Związku Szwabskiego, który już 15 grudnia 1387 wystąpił przeciwko Bawarii.
Wcześniej Fryderyk był doradcą króla Wacława IV w kwestiach prawnych.
Książę zmarł w 1393 w Budziejowicach. Jego następcą został jego syn Henryk XVI Bogaty.
Potomstwo Henryk żenił się dwa razy. Pierwszy raz w 1360 z Anną z Neuffen. Z tego małżeństwa narodziła się jedna córka Elżbieta (1361 – 17 stycznia–1382), żona lorda Parmy, Marco Viscontiego.
Po raz drugi ożenił się 2 września 1381 z Maddaleną Visconti, córką Bernabo z rodu Viscontich. Fryderyk z Maddaleną miał piątkę dzieci: