Jednak we wrześniu 1998 roku, Pak został mianowany ministrem bez teki w rządzie Hong Sŏng Nama, w którym odpowiadał za przemysł chemiczny. Następnie formalnie pełnił urząd ministra przemysłu chemicznego, aż do chwili otrzymania nominacji na szefa rządu.
11 kwietnia 2007 roku Koreańska Centralna Agencja Prasowa poinformowała, że podczas V sesji Najwyższego Zgromadzenia Ludowego XI kadencji Pak Pong Ju został zwolniony z funkcji premiera rządu, KCNA, [dostęp: 16 listopada 2010].. Jego następcą został Kim Yŏng Il. Wcześniej Pak nie pokazywał się publicznie od maja 2006 roku. To w południowokoreańskich i zachodnich mediach wywołało podejrzenia, że został zdymisjonowany za niegospodarność przy podziale oleju napędowego, który przeznaczono dla rolnictwa. Według innych spekulacji co do powodów odejścia Pak Pong Ju z rządu, wymieniano zbytnią podatność na sugestie Chińczyków, co do sposobu prowadzenia polityki gospodarczej państwaNorth Korea: New Premier, Changing Priorities , STRATFOR, [dostęp: 17 listopada 2010]..