Jeszcze przed wznowieniem kontrowersji, około 814 r. Nicefor napisał tak zwany Apologeticus minor, a w latach 818–820, już na wygnaniu, dwie rozprawy: Kontrargumenty (Antirrhetikòj) w 3 księgach i Apologię większą świętych obrazów (Apologeticus maior pro sacris imaginibus), uznawane za jedną całość. W pierwszej zawarł argumenty czcicieli ikon będące odpowiedzią na zarzuty cesarza Konstantyna V Kopronima, że kult ikon stanowi przejaw balwochwalstwa. W drugiej zbijał poglądy cesarza na temat chrystologii. Apologeticus maior stanowi ważne źródło do poznania poglądów obrazoburców, których pisma zostały później zniszczone, pozwala też na rekonstrukcję traktatu Konstantyna V o cesarzach ikonoklastach.
Zachowały się również komentarze Nicefora do Makarego Wielkiego, Euzebiusza z Cezarei, Grzegorza z Nazjanzu, Nila z Ancyry, Bazylego z Seleucji, którymi posługiwali się ikonoklaści. Problemowi obrazoburstwa było też poświęcone zaginione pismo Przeciw Żydom, katafrygijczykom i manichejczykom. Nicefor prowadził również, co poświadcza jego biograf, patriarcha Ignacy, bogatą działalność epistolograficzną.