Benito Juárez uważany przez liberałów za jedynego prawowitego prezydenta, postanowił kontynuować walkę z rządem konserwatystów.
Sprawując dowództwo nad siłami zbrojnymi konserwatystów, Miramón dwukrotnie, bez powodzenia próbował zająć bronione przez liberałów Veracruz. Wkrótce sytuacja na froncie przybrała niekorzystny dla konserwatystów obrót. W grudniu 1860 roku Juárez zajął miasto Meksyk, a Miramón musiał uchodzić za granicę. Schronienie znalazł na Kubie, następnie przeniósł się do Europy. Podczas pobytu w Europie nawiązał kontakty z cesarzem Francji Napoleonem III, który przygotowywał interwencję zbrojną w Meksyku w celu wyegzekwowania od meksykańskiego rządu zaległości finansowych i osadzeniu na tronie austriackiego arcyksięcia Maksymiliana.
Po opanowaniu Meksyku przez Maksymiliana, Miramón wrócił do kraju w 1863 roku i został mianowany wielkim marszałkiem. W latach 1864–1866 sprawował funkcję ambasadora Meksyku w Prusach. W 1866 roku powrócił do Meksyku i wziął udział w walkach z siłami republikańskimi. W czerwcu 1867 roku w bitwie pod Querétaro został ranny i trafił do niewoli.