Chicago W 1881 roku Yerkes zmienił miasto i po 22 latach żonę. W Chicago założył dom maklerski, ale wkrótce zainteresował się systemem transportu publicznego w tej metropolii, czyli tramwajami. Stopniowo wraz ze wspólnikami przejął większość linii na północy i zachodzie miasta, jednak część południowa oparła się jego ambicjom. Nieraz uciekał się do szantażu i przekupstwa.
W 1892 roku sfinansował budowę największego teleskopu na świecie, łącznie z całym obserwatorium (Obserwatorium Yerkes w Wisconsin), dla poprawy swojego nadwerężonego wizerunku.
Po rozbudowaniu i skonsolidowaniu sieci tramwajowej w Chicago (m.in. nadziemny kwadratowy ciąg The Loop o długości 2 mil otaczający biznesowe centrum miasta), napotykając przeszkody w radzie miejskiej co do przedłużenia linii na przedmieściach, Yerkes sprzedał większość swoich akcji i przeniósł się do Nowego Jorku.
Nowy Jork, Londyn W 1900 roku zaangażował się w rozbudowę londyńskiego metra. Przejął sieć, zebrał fundusze, zbudował nowe linie i zelektryfikował całe metro (prace dokończono już po jego śmierci).