W 1864, za rządów Murawiowa, władze rosyjskie zlikwidowały zakon trynitarzy, kościół zamknęły, a klasztor skonfiskowały. Kościół został przebudowany na cerkiew garnizonową św. Michała Archanioła. Niemal cały jego wystrój (sztukaterie, ołtarze i nagrobki) został zniszczony, w tym nagrobek marszałka wielkiego litewskiego, Aleksandra Pawła Sapiehy. Krucyfiks przeniesiono do kaplicy królewskiej w katedrze, a figurę Pana Jezusa – do kościoła św. Piotra i Pawła. Oszpecono fasadę dobudowując kruchtę.
Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości w 1918 kościół Pana Jezusa został odzyskany na potrzeby religijne i częściowo odrestaurowany. Usunięto naleciałości rosyjskie, ale przywrócenie kościołowi pierwotnej szaty nie było już możliwe. Nową sztukaterię zaprojektował Hermanowicz, a ołtarze architekt Borowski.
Klasztor w 1924 przeznaczono na uniwersytecką klinikę dermatologiczną, po 1945 znajdowały się tam koszary. W latach 1993–1998 w klasztorze mieściło się seminarium duchowne. W 2000 r. kościół i klasztor przekazano joannitom.