Następnie Skawinka zmierza dalej na północ, po lewej stronie mijając Rzozów i pod koniec przepływając przez miasto Skawinę, z jej historycznym centrum na prawym brzegu. Skawinka uchodzi do Wisły na granicy administracyjnej współczesnego Krakowa, mniej niż trzy kilometry w górę rzeki od opactwa w Tyńcu.
Do końca XIX wieku przebieg Skawinki zgodnie z tradycją rozpoczynano natomiast na wschodnich stokach Chełmu (604 m) w Beskidzie Makowskim w miejscowości Skawinki. Tak więc dawna Skawinka (Zachodnia), obecnie Cedron, w początkowym biegu płynie w kierunku północnym rozdzielając Leśnicę na zachodzie od Lanckorony na wschodzie. Następnie przepływała przez Brody (w 1950 granicę Kalwarii Zebrzydowskiej przesunięto na wschód aż do rzekiJ. Zinkow, 2000, s. 30) i Zebrzydowice, za którymi skręca na wschód, od południa mijając Przytkowice, dalej rozdzielając Leńcze i Podolany na północy od Zarzyc Wielkich i Małych na południu (pierwotnie te cztery miejscowości stanowiły jedną wieś o nazwie Lencze).