W tym czasie członkowie zespołu zdecydowali się na podpisanie dodatku do umowy prawnej umożliwiającego prostszą dystrybucję swoich płyt na terenie Ameryki Północnej.
W 2006 roku na zaproszenie gitarzysty i lidera kanadyjskiej grupy muzycznej Annihilator, Jeffa Watersa, Jesper Strömblad zagrał gościnnie na gitarze w utworze „Haunted” na albumie Metal (2007). Tego samego roku płyta Come Clarity została wydana na północnoamerykańskim rynku przez wydawnictwo Ferret Music oraz w innych miejscach na świecie poprzez label Nuclear Blast. Jeszcze tego samego roku In Flames koncertowała wraz z zespołem Sepultura, wzięła również udział w The Unholy Alliance tour, oprócz tego grała na głównej scenie podczas Download Festival. Album Come Clarity sprzedał się na całym świecie w nakładzie przekraczającym 400.000 sztuk. Otwierający album utwór „Take This Life” użyty został w grze Guitar Hero III, która sprzedała się w nakładzie ponad sześciu milionów egzemplarzy.