Wydarzenia z Los Angeles zbliżyły go do lewicowego skrzydła ruchu na rzecz praw obywatelskich. W jego przemowach widoczny był coraz większy radykalizm utrzymany w tym duchu i coraz więcej odwołań do chęci przeprowadzenia rewolucji. Malcolm X odwoływał się przy tym do sukcesu ruchów rewolucyjnych w Azji, Afryce czy na Kubie. 2 grudnia 1963 roku Malcolm X będący wówczas krajowym, a więc najwyższym rangą pastorem Narodu Islamu, został bezterminowo (a w praktyce na stałe) zawieszony przez Elijaha Muhammada pod pretekstem pogwałcenia przez niego zakazu komentowania zamachu na Johna F. Kennedy'ego. Muhammad zapobiegł w ten sposób możliwości przejęcia władzy w Narodzie przez Malcolma.
Odejście z Narodu Islamu W marcu 1964 roku ogłosił odejście z Narodu Islamu. Decyzję tę ogłosił po tym, gdy na światło dzienne wyszła informacja o nieślubnych dzieciach Muhammada Elijaha – informacja ta wstrząsnęła Malcolmem ze względu na to, że sam Muhammad na gruncie islamskim wprowadził w organizacji surowe zakazy obejmujące między innymi cudzołóstwo. Jeszcze w tym samym roku odbył pielgrzymkę do Mekki. Spotkanie z wyznawcami islamu innych ras zmieniło jego nastawienie i otworzyło na współpracę z osobami spoza kręgu środowisk osób czarnoskórych. Wizytę w Arabii Saudyjskiej ułatwił mu tamtejszy książę Fajsal ibn Abd al-Aziz Al Su’ud.