W 1937 roku został komendantem Rejonu Przysposobienia Wojskowego Konnego 2 Dywizji Piechoty Legionów w Kielcach oraz 11 pułku Ułanów Legionowych w Ciechanowie. Awansował do stopnia majora.
Kampanię wrześniową 1939 przeszedł szlakiem bojowym 11 pułku ułanów jako II zastępca dowódcy. Wzięty do niewoli niemieckiej po kapitulacji po bitwie pod Krasnobrodem 25 września. W październiku 1939 zbiegł z niewoli niemieckiej, w konspiracji pod ps. „Janczar”, w ZWZ, potem AK. W 1940 organizator ZWZ w pow. Mińsk Mazowiecki, w listopadzie 1941 inspektor AK w pow. Mińsk Mazowiecki i Siedlce-miasto. Ostatni dowódca podokręgu „Białowieża” Warszawa-Wschód. Według planu odtworzenia WP (OSZ) ppłk Lucjan Szymański był przewidziany jako dowódca Mazowieckiej Brygady Kawalerii. Inspektor AK mjr Lucjan Szymański „Janczar” został awansowany do stopnia podpułkownika w dniu 1 października 1943 r. Ppłk. Lucjan Szymański jako najstarszy stopniem oficer AK oraz inspektor Komendy Głównej AK na obwody Siedlce, Sokołów Podlaski, Garwolin i Mińsk Mazowiecki, po aresztowaniu 8 sierpnia 1944 dowódcy Podokręgu płk. Suszczyńskiego (i innych oficerów którzy zgłosili się na ponowne spotkanie z sowieckim gen. Popowem) objął dowodzenie całym podokręgiem.