Pod koniec maja 1863 Rząd Narodowy mianował Taczanowskiego dowódcą wojsk województwa kaliskiego i mazowieckiego oraz awansował do stopnia generała. Prowadził walki ze zmiennym szczęściem, tocząc walki pod Łaskiem, Goszczanowem, Czepowem, Pęcherzewkiem, Sędziejowicami; pod Kruszyną został rozbity. Po klęsce wyjechał do Francji, potem do Turcji; bez powodzenia szukał tam poparcia dla pomysłu stworzenia polskich oddziałów walczących o niepodległość.
Wkrótce powrócił do Polski; mieszkał początkowo w Krakowie, a po amnestii władz pruskich powrócił do Wielkopolski i osiadł w swoim majątku w Choryni, gdzie mieszkał do końca życia. Z małżeństwa z Anielą z Baranowskich miał czterech synów (Stefana, Stanisława, Józefa, Władysława) i dwie córki (Katarzynę i Anielę).
Zmarł 14 września 1879 pochowany w Choryni. 1 listopada 1938 jego szczątki uroczyście przewiezione zostały przez Poznań i Kalisz, a dnia następnego do Warszawy i pochowane na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera C13-1-9).
21 stycznia 1933 prezydenta RP Ignacy Mościcki nadał Krzyż Niepodległości z mieczami „poległym i zmarłym Powstańcom 1863 r., jako symbol uznania ich zasług w walce o niepodległość Polski”.