W drugim sezonie w lidze słoweńskiej drużyna Medveščaka zwyciężyła w sezonie zasadniczym i mogła zagrać w fazie play-off w której odpadła w fazie półfinałowej w której zmierzyła się z grającej w lidze EBEL Olimpiją Lublana 0:4.
Rozgrywki EBEL W dniu 15 maja 2009 roku drużyna została przyjęta przez kierownictwo ligi EBEL do grona dziewięciu już uczestniczących w rozgrywkach drużyn. Stała się przy tym czwartą drużyną w historii ligi, która swoją siedzibę ma poza terytorium Austrii. W wyniku czego w dniu 1 sierpnia do klubu zatrudniono kanadyjskiego trenera Enio Sacilotto. Wcześniej na stanowisko głównego menedżera przyjęto Amerykanina Douglasa Bradleya. 24 listopada 2009 roku po dwudziestu pięciu kolejkach Sacilotto został zwolniony. Powodem tej decyzji były słabe wyniki (8. miejsce na 10 drużyn). Nowym trenerem zespołu został Ted Sator – były trener drużyn NHL: New York Rangers oraz Buffalo Sabres. Sator doprowadził do zajęcia na koniec sezonu zasadniczego ósmego miejsca. W 54 spotkaniach drużyna z Zagrzebia zwyciężyła w 25 meczach, zdobywając 160 bramek tracąc przy tym 182. Drużyna awansowała do fazy play-off w której w ćwierćfinale zmierzyła się ze zwycięzcą sezonu zasadniczego EC Graz 99ers.