Gdy wybuchło powstanie listopadowe wrócił do Warszawy. Związał się z Towarzystwem Patriotycznym i współpracował z „Gazetą Polską”, w której prowadził krytykę społeczną i propagandę religijną. Po upadku powstania osiedlił się w Wolnym Mieście Krakowie, gdzie założył pensję dla młodzieży gimnazjalnej i akademickiej. Zdobyła znaczną renomę, lecz z powodu zatrudniania byłych powstańców i wspierania konspiracyjnego ruchu młodzieży Królikowski naraził się władzom. Pensja została zamknięta w 1839 roku, a właściciel musiał emigrować. W Krakowie Królikowski napisał dwa utwory: List Apostolski z Warszawy (inspirowany Księgami Narodu i Pielgrzymstwa Polskiego Mickiewicza), ogłoszony anonimowo w „Pielgrzymie Polskim” w 1833 w Paryżu, gdzie zawarł swoje podstawowe idee oraz konkretyzujące je Westchnienie pobożne za dynastię Czartoryskich w Polsce, przesłane z ziemi ucisku do synów jej w rozproszeniu, ogłoszone anonimowo we Francji.