w kwietniu i maju 2006 rozebrany został odcinek od Gogolina do Krapkowic, a planowano rozebranie pozostałej części linii, na której miałaby powstać ścieżka rowerowa.
Wiosną 2012 PKP PLK ogłosiły przetarg na odbudowę i modernizację liniiNTO: Linia kolejowa Krapkowice-Prudnik będzie remontowana.. Prace modernizacyjne rozpoczęły się w 2014. Wykonawcą była firma Skanska. Inwestycja o wartości 35 mln zł miała zakończyć się w październiku 2016 i została w całości sfinansowana przez MON.
3 sierpnia 2016 roku zmodernizowana przed czasem linia kolejowa relacji Prudnik–Krapkowice (docelowo do Gogolina) została oddana do użytku. Tory miały być wykorzystywane do celów wojskowych (dojazd do Centralnej Składnicy Materiałów Wybuchowych pod Krapkowicami); planowano corocznie dwa przejazdy kontrolne. Poza tym z torowiska mogą korzystać prywatne firmy, takie jak Metsä Tissue, która prowadzi w Krapkowicach najnowocześniejszy zakład papierniczy w Europie. Szybkość pociągów na tym odcinku wynosi 40 km/h. Nie jest przewidywana reaktywacja ruchu pasażerskiego.