W styczniu 1948 przewodniczył trzyosobowej delegacji duchowieństwa prawosławnego Albanii, która udała się z wizytą do Moskwy. 18 kwietnia 1948, w obecności goszczącego w Albanii biskupa Nestora, reprezentującego Rosyjski Kościół Prawosławny dokonano w katedrze tirańskiej chirotonii archimandryty na biskupa, który przyjął imię Pajsij. W tym samym miesiącu otrzymał godność metropolity korczańskiego. Należał do głównych orędowników współpracy Kościoła albańskiego z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym. 25 sierpnia 1949 Święty Synod, który zebrał się niezgodnie z zasadami określonymi w statucie poddał krytyce działalność zwierzchnika Kościoła Krzysztofa i dokonał jego obalenia. Dzień później jego stanowisko przejął Paisjusz, który otrzymał także godność metropolity Durrësu i Tirany. W pełni lojalny wobec władz komunistycznych, arcybiskup Paisjusz uczestniczył w kampaniach politycznych, był także organizatorem III kongresu duchownych prawosławnych (luty 1950), który otwierał, by następnie bez sprzeciwu zaakceptować nowy statut Kościoła, zgodny z oczekiwaniami władz komunistycznych. W latach 60. nie protestował wobec przejmowania części świątyń prawosławnych na rzecz państwa. Zmarł 4 marca 1966 z powodu zaburzeń układu krążenia.