thumb|Kcyńska synagoga (XX w.) W 1939 miasto liczyło 5,5 tys. osób. W okresie 1939–1945 Kcynia znajdowała się pod okupacją hitlerowską; w latach 1939–1940 pod nazwą Prien am Berge. Zginęło kilkudziesięciu mieszkańców, wielu wywieziono do Generalnego Gubernatorstwa. 22 stycznia 1945 roku do miasta wkroczyły oddziały Armii Czerwonej. Mieszkańcy pochodzenia niemieckiego zostali zmuszeni do opuszczenia miasta i okolic lub przyjęcia obywatelstwa polskiego. Powstały zakład poprawczy i liceum ogólnokształcące.
W 1962 odbyły się uroczyste obchody 700-lecia nadania praw miejskich. Powstał Zespół Regionalny „Pałuki” (Klara Prillowa). Kcynia stała się stolicą folkloru pałuckiego. W okresie PRL miasto stanowiło lokalny ośrodek usługowy bez większego znaczenia dla gospodarki regionu.