Badania geofizyczne wskazują na istnienie kolejnych 16 struktur tego typu. Warstwa III jest datowana na około 9 tysięcy lat przed naszą erą. W obrębie murów świątyni odkryto sześć kamiennych koryt, mających pojemność dochodzącą do 160 litrów. Osad znaleziony na ich dnie zawierał szczawiany powstałe po połączeniu wody z ziarnem; na tej podstawie naukowcy badający stanowisko wysnuli hipotezę, że koryta mogły służyć do warzenia prehistorycznego piwa.
W warstwie II odkryto szereg przylegających do siebie prostokątnych pokoi z podłogą z polerowanego wapienia. Jest ona datowana na 7500–6000 lat przed naszą erą.
Obiekty znajdujące się w Göbekli Tepe zostały celowo wypełnione (lub zakopane). Obecnie nadal nie wiadomo, jak długo każdy z nich był używany przed zakopaniem i nadal nie ma ostatecznych dowodów na czas trwania procesu napełniania. Wiadomo, że cały kopiec (w obecnym stanie) zawiera złoża archeologiczne (tj. jest sztuczny) i jest wynikiem wielu działań związanych z wypełnianiem, które zakończyły się około 8000 p.n.e.