Po podbiciu tych terytoriów przez Zakon Krzyżacki, pomiędzy rokiem 1392 a 1396 komtur bałgijski Konrad von Kyburg ulokował tu pierwszą osadę krzyżacką. Miejscowości o charakterze rybackim ze względu na pobliskie jezioro, które w późniejszym czasie zostało osuszone, nadał nazwę Eichmedien. W tym samym czasie w Nakomiadach powstała średniowieczna warownia o nazwie Fliehburg, o której nie zachowały się przekazy, i co do której nie jest nawet pewne, czy była budowlą drewnianą czy już murowaną. Prawa lokacyjne osady potwierdził w 1402 kolejny komtur z Bałgi, późniejszy Wielki Mistrz Krzyżacki Ulrich von Jungingen, który zmienił dotychczasowy status lokacyjny wsi na prawo chełmińskie.
Dobra rodu von Hoverbeck W połowie XVII wieku, prawdopodobnie w 1653, dobra Nakomiady za zasługi w uniezależnianiu miast pruskich od Polski zostały nadane przez wielkiego elektora Fryderyka Wilhelma jako dobra dziedziczne, brandenburskiemu dyplomacie w Warszawie Janowi von Hoverbeckowi (akt tego nadania w języku polskim i łacińskim przechowywany jest w Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie).