Latem 2003 podpisał kontrakt z niemieckim VfL Bochum. W Bundeslidze pierwszy mecz zaliczył 16 sierpnia 2003 przeciwko Bayernowi Monachium (0:2). 13 września 2003 w wygranym 2:0 pojedynku z Hansą Rostock strzelił pierwszego gola w trakcie gry w Bundeslidze. Przez pół roku w Bochum zagrał 4 razy i zdobył jedną bramkę.
W styczniu 2004 przeszedł na wypożyczenie do angielskiego zespołu Championship – Coventry City. Po zakończeniu sezonu 2003/2004 został wykupiony przez Coventry z Bochum. W Coventry grał do grudnia 2004. W sumie zaliczył tam 27 ligowych spotkań i zdobył w nich 3 gole. 17 grudnia 2004 trafił do Plymouth Argyle, również grającego w Championship. Występował tam do końca 2005 roku.
1 stycznia 2006 został graczem islandzkiego Akraness. Jego barwy reprezentował przez trzy sezony, a od 2008 roku gra w Reykjavíkur.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Islandii Guðjónsson zadebiutował w kwietniu 1997 w towarzyskim meczu ze Słowacją. Od tego czasu był uczestnikiem eliminacji do MŚ 1998, ME 2000, MŚ 2002, ME 2004, MŚ 2006, ME 2008, jednak na żaden turniej jego reprezentacja nie awansowała.