W tym czasie wykonano także nową marmurową posadzkę. Drugi etap: 1756–1773 – wymieniono wszystkie stare ołtarze na nowe, wykonane bądź w marmurze bądź snycerskie utrzymane w stylu rokoka.
Kaplica Najświętszej Marii Panny W 1766 archidiakon Ligęza ufundował nowe pełne wyposażenie do kaplicy mansjonarskiej adaptowanej na kaplicę Sakramentu. W 1767 do kaplicy sprawiono ołtarz z marmuru. Ołtarz w kaplicy mansjonarskiej skomponowany jednolicie z iluzjonistycznie malowanym wnętrzem. Późnobarokowy ołtarz z czarnego marmuru, inkrustowanego z rokokowymi partiami drewnianymi, ze starszym (z 1699 roku) drewnianym tabernakulum. W polu środkowym obraz ostatniej wieczerzy z 1767. Polichromia w kaplicy została wykonana w latach 1770–1775 przez Bartłomieja Gołębiowskiego, ukończona po jego śmierci przez Mateusza Mateusza Rejchana. Sceny ujęte w ramy iluzjonistycznej architektury przedstawiają anioła budzącego Eliasza w puszczy, spotkanie Melchizedeka z Abrahamem, alegorię kościoła wśród aniołów. Na ścianach widnieją: Manna niebieska, umywanie nóg apostołom, Niewierny Tomasz, Mojżesz i papież.
Ostatnia faza modernizacji Prace dotyczyły głównie zakrystii.