Transport drogowy Przechodząca przez miasto droga B260, zwana szlakiem zdrojowym (niem. Bäderstraße), biegnie wzdłuż rzeki Lahn od ujścia do Renu w Lahnstein, aż do Nassau i dalej do Wiesbaden. Od listopada 2006 tunel Malbergtunnel o długości 1,6 km przejął ruch na odcinku Fachbach/Bad Ems odciążając centrum miasta. Do Bad Ems dojechać można również autostradą A3 (zjazd Montabaur) lub A61 (zjazd Koblenz/Waldesch).
Transport kolejowy Bad Ems leży na szlaku kolejowym 625 (Koblencja – Wetzlar) (tzw. Lahntalbahn). Pasażerów obsługują stacje Bad Ems z najmniejszą halą peronową w Niemczech oraz Bad Ems West. Miasto posiada połączenia regionalne w kierunku Koblencji czy Limburga nad Lahn, skąd można się przesiąść w pociągi dalekobieżne.
Na terenie uzdrowiska funkcjonuje kolej linowo-torowa Kurwaldbahn. Drugą, podobną, ale nieczynną linią jest Malbergbahn.
Transport wodny Miasto leży między 123. (kemping Bad Ems) a 127. km (śluza) rzeki Lahn. Posiada wiele miejsc do przycumowania, dźwig, stacje benzynową, marinę.