Komórkami organizacyjnymi komendy oddziału są: Wydział Graniczny: Punkt Kontaktowy w Budzisku Wydział Operacyjno-Śledczy Wydział do Spraw Cudzoziemców Wydział Koordynacji Działań Wydział Łączności i Informatyki Wydział Kadr i Szkolenia Pion Głównego Księgowego Wydział Techniki i Zaopatrzenia Wydział Zabezpieczenia Działań Wydział Ochrony Informacji Wydział Kontroli i Audytu Wewnętrznego Wydział Analiz, Informacji i Współpracy Międzynarodowej Służba Zdrowia Podlaskiego Oddziału Straży Granicznej z siedzibą w Białymstoku Strzeżony Ośrodek dla Cudzoziemców w Białymstoku.
W strukturze organizacyjnej Podlaskiego Oddziału Straży Granicznej funkcjonuje 17 placówek straży granicznej, z czego: 13 na zewnętrznej granicy UE (w tym 6 o charakterze przejść granicznych) 3 na wewnętrznej granicy UE 1 na terenie kraju.