W 1967 roku habilitowała się na podstawie pracy Ortodoksja i rewizja w pozytywizmie francuskim, w 1975 roku uzyskała stanowisko profesora nadzwyczajnego, a w 1988 roku tytuł profesora zwyczajnego. Od 1968 roku była członkinią ZAiKS-u (od 2009 roku członkini honorowa). W lutym 1978 została członkiem Towarzystwa Kursów Naukowych, przekształconego potem w Towarzystwo Krzewienia i Popierania Nauk, a w latach 1981–1984 (a więc przed i w trudnym okresie po wprowadzeniu stanu wojennego) przewodniczącą Komitetu Nauk Filozoficznych PAN. W latach późniejszych została członkiem zwyczajnym Polskiej Akademii Umiejętności. Tytuł profesora nauk humanistycznych uzyskała w 1988. W latach 1993–2006 była przewodniczącą rady redakcyjnej rocznika „Etyka”.

Nie mogąc z powodów ideologiczno-politycznych pracować w czasach PRL na Uniwersytecie, Barbara Skarga prowadziła od lat 70. ożywioną działalność dydaktyczną, prowadząc w IFiS PAN, a potem także prywatnie, na emeryturze, ogólnopolskie seminarium, a po 1989 roku incydentalnie nauczając w różnych ośrodkach uniwersyteckich.

Przed wyborami parlamentarnymi w 2001 była członkiem wyborczego komitetu honorowego Unii Wolności.