Więzienie w Świeciu szybko zostało zapełnione. W celach mogących pomieścić najwyżej 120 osób już we wrześniu 1939 znalazło się 339 więźniów. W tej sytuacji Niemcy zwolnili niektórych aresztowanych, większość zaś przeznaczyli do rozstrzelania. O losie uwięzionych Polaków decydował niemiecki Volksgericht (sąd ludowy) pod przewodnictwem nieznanego sędziego z Gdańska, w którego skład wchodziło kilkudziesięciu miejscowych volksdeutschów.
Pierwsze zbiorowe egzekucje w Świeciu Selbstschutz przeprowadził w dniach 7 – 8 października 1939. Na cmentarzu żydowskim przy ulicy Polnej 3 rozstrzelano wówczas od 60 do 95 Polaków i ŻydówSzymon Datner zidentyfikował dane 58 ofiar (48 Żydów i 10 Polaków), w tym 5 starców, 28 kobiet, 8 dzieci i 6 małych dzieci. Włodzimierz Jastrzębski mówił z kolei o zidentyfikowaniu 53 zamordowanych., w tym kobiety i dzieci w wieku 3-8 lat. Zgodnie z zeznaniami złożonymi przez świadków zbrodni (żołnierzy Wehrmachtu) skazańcom rozkazywano kłaść się we wnętrzu przygotowanych uprzednio mogił, po czym mordowano ich strzałem w tył głowy. Egzekucją kierował osobiście szef bydgoskiego Selbstschutzu Josef Meier („krwawy Meier”).