Na miejscu spychano ich trójkami lub czwórkami do wykopanych wcześniej dołów, po czym rozstrzeliwano. Zamordowanych chowano we wspólnych mogiłach, przy kopaniu których zatrudnieni byli mieszkańcy okolicznych wsi. Wśród ofiar znajdowało się 120 dzieci, które wywieziono na egzekucję pod pozorem odbycia wycieczki.
Zamordowano również dyrektora szpitala, doktora Józefa Bednarza, który nie skorzystał z możliwości ucieczki i towarzyszył swym pacjentom do samego końcaTa dobrowolna ofiara sprawiła, iż doktor Bednarz jest czasem nazywany „Pomorskim Korczakiem”.. Egzekucji dokonywał oddział Selbstschutzu składający się z 30 ludzi, na czele którego stał niejaki Rost – właściciel browaru ze Świecia. W mordowaniu chorych uczestniczyli ponadto SS-mani z oddziału Kurta Eimanna, który odegrał również znaczącą rolę podczas akcji eksterminacyjnej w Piaśnicy i Lesie Szpęgawskim. Wehrmacht dostarczył pojazdy i kierowców, którzy przewozili ofiary na miejsce straceń.
Pozostałych pacjentów Zakładu Psychiatrycznego w Świeciu wywieziono do szpitala psychiatrycznego w Kocborowie, a następnie zamordowano w Lesie Szpęgawskim. W opróżnionym w ten sposób szpitalu urządzono prowizoryczne więzienie, z którego wysyłano później na śmierć w Mniszku polskich więźniów politycznych.