Jan pokazuje posłuszeństwo, Maria omdlewa (geneza średniowieczna, z mistycznych wizji św. Brygidy Szwedzkiej). Umieszczono dwa następujące po sobie epizody: ewangeliczny (Jezus przemawia) i mistyczny (omdlewająca Maria po śmierci Jezusa). Po prawej stronie krzyża stoi św. Longinus z apokryfów – jeździec z włócznią, pokazuje swoje oko, do którego wpadła kropla krwi Boskiej, po lewej – rzymski centurion Stefaton.
Do ikonografii Ukrzyżowania należy też Bóg w tympanonie, którego postać w takich przedstawieniach typowa jest dla sztuki nowożytnej.
Ukrzyżowanie pędzla Piotra ujęte jest jako prefiguracja Sądu Ostatecznego.
Kolorystyka ołtarza to złoto i błękit czyli barwy niebiańskie i monarsze. Oznaczają świętość, sugerują wymiar nadprzyrodzony. Złoto to odwieczny element gloryfikacji i sakralizacji oraz idea królewskości Jezusa.
Przedstawieni święci Wacław i Stanisław, wraz z Florianem i Wojciechem są patronami Krakowa, Kościoła krakowskiego i dynastii panującej w Polsce, oraz katedry. Obaj są męczennikami zabitymi w kościele z rąk monarchów, lub z ich woli (Księcia Wacława zabili siepacze nasłani przez króla Czech Bolesława I Okrutnego, Stanisława – król Bolesław Śmiały lub jego słudzy).