3 lipca 1941 miasteczko zajął Wehrmacht. W październiku 1941 w Stepaniu zostało utworzone gettoХолокост на территории СССР: Энциклопедия, Moskwa 2009, s.946-947, w którym zgromadzono Żydów z gmin Stepań i Stydyń. W nocy z 21 na 22 sierpnia 1942 Niemcy wspólnie z policją ukraińską zlikwidowali getto. Żydów w liczbie około 1500 przewieziono pod Kostopol i tam rozstrzelano; zdołało zbiec kilkaset osób. W latach 1939–1943 w różnych napadach Ukraińców na Polaków w Stepaniu zginęły co najmniej 24 osoby. Po jednym z mordów w kwietniu 1943 Polacy przenieśli się do Huty Stepańskiej. Niedługo potem upowcy wysadzili kościół pw. Św. Michała Archanioła.
W czasie okupacji niemieckiej mieszkająca tutaj ukraińska rodzina Szyrków ukrywała Żydów Josela Magida i jego syna Herszela. W 2001 roku Instytut Jad Waszem uhonorował za to tytułami Sprawiedliwych wśród Narodów Świata Pyłypa i Nadiję Szyrków.
W 1989 liczyło 4536 mieszkańcówВсесоюзная перепись населения 1989 г. Численность городского населения союзных республик, их территориальных единиц, городских поселений и городских районов по полу.