Kolejnym klubem w karierze Hughtona był londyński West Ham United. Swój debiut w nim zanotował 3 listopada 1990 w meczu z Notts County (1:0). W 1991 roku awansował z West Ham do Division One, a w 1992 roku odszedł do Brentford F.C. W 1993 roku pomógł mu w promocji z Division Three do Division Two.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1979/80 Tottenham Hotspur Division One 39 1 1980/81 Tottenham Hotspur Division One 34 1 1981/82 Tottenham Hotspur Division One 37 2 1982/83 Tottenham Hotspur Division One 38 3 1983/84 Tottenham Hotspur Division One 34 3 1984/85 Tottenham Hotspur Division One 31 1 1985/86 Tottenham Hotspur Division One 33 1 1986/87 Tottenham Hotspur Division One 9 0 1987/88 Tottenham Hotspur Division One 13 0 1988/89 Tottenham Hotspur Division One 21 0 1989/90 Tottenham Hotspur Division One 8 0 1990/91 West Ham United Division Two 32 0 1991/92 West Ham United Division One 1 0 1991/92 Brentford F.C. Division Three 12 0 1992/93 Brentford F.C. Division Two 20 0