Życie prywatne mały|Grób Eugenii Joanny Pawel-Kroll na cmentarzu Komunalnym Północnym w Warszawie Jej mieszkający w Warszawie rodzice pochodzili z Kresów Wschodnich, byli weterynarzami i mieli dwoje dzieci (prócz Eugenii także starszą Krystynę, urodzoną w 1934). W 1939, po rozpoczęciu II wojny światowej, Krystyna i jej matka zostały spod Brześcia nad Bugiem, gdzie dziewczynka spędzała wakacje u dziadków, wywieziona przez Rosjan do Kazachstanu. Wróciły do Polski w 1946, z objawami gruźlicy.

Pierwszym mężem Eugenii był poznany na uczelni malarz surrealistyczny. Ich małżeństwo zakończyło się rozwodem. Później została drugą żoną historyka i archiwisty Bogdana Krolla (1928–1999), którego poznała za pośrednictwem biura matrymonialnego i z którym miała syna Andrzeja (ur. 1983). Miała też trzech nieślubnych partnerów; ostatnim z nich był marynarz, którego poznała na internetowym portalu randkowym i z którym żyła przez sześć lat. W 2005 opublikowała minipowieść autobiograficzną „W stronę lata”.

Ostatnie dziewięć lat życia, po przebyciu zawału i doznaniu – wskutek błędu lekarza – udaru, spędziła w domu starców. Zmarła 7 września 2018 w wieku 70 lat.