W roku 1643 starsza siostra Christophera wyszła za mąż za matematyka Williama Holdera i cała rodzina Wrenów osiedliła się w miejscowości Bletchingham w Oxfordshire, u Holderów. William Holder stał się nauczycielem Christophera, którego zachęcił do odkrywania astronomii. W wieku 19 lat Christopher Wren został wysłany do Westminster School w Londynie.

Uczony Po ukończeniu nauki w Westminster School w 1646 r. Wren nie od razu podjął studia wyższe. Przez trzy lata, kiedy to podejrzewano go o słabe zdrowie, był asystentem doktora Charlesa Scarborough (przyszłego lekarza króla) i uczestniczył w badaniach anatomicznych, a także, już na własny rachunek, zajmował się zagadnieniami matematycznymi dotyczącymi zegara słonecznego, makietą systemu słonecznego, przy czym wykazał się nie tylko wiedzą naukową, ale i zdolnościami artystycznymi.

W latach 1649–1653 Wren studiował w Wadham College w Oxfordzie. Zaznajomił się tam z Johnem Wilkinsem, późniejszym biskupem Chester. Tego samego roku został wybrany „Fellow” (tradycyjny tytuł, od: „prowadzący”) na All Souls College w Oxfordzie. W College’u mieszkał aż do roku 1657.