We wrześniu 1998, po rezygnacji lidera socjalistów Fatosa Nano, Pandeli Majko został rekomendowany przez władze socjalistów na nowego premiera. Urząd ten objął 2 października. W październiku 1999 premier ubiegał się o przywództwo w Socjalistycznej Partii Albanii, przegrywając z Fatosem Nano. Pozbawiony poparcia ustąpił z funkcji sekretarza generalnego partii oraz z zajmowanego stanowiska rządowego, na którym 29 października 1999 zastąpił go Ilir Meta. We wrześniu 2001 w jego drugim gabinecie Pandeli Majko objął urząd ministra obrony. Wewnętrzne spory w partii doprowadziły w styczniu 2002 do dymisji premiera, w następstwie której rekomendowany przez swoją formację Pandeli Majko 22 lutego tegoż roku po raz drugi stanął na czele rządu. Już w lipcu złożył rezygnację, gdy komitet wykonawczy socjalistów poparł objęcie funkcji premiera przez Fatosa Nano, zatwierdzonego na tym urzędzie przez parlament 31 lipca 2002.